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Limtox:一个药物与基因不良反应及毒性关联的应用文本挖掘的网络工具

Source: 计算表观遗传学 Release: 2017-10-20 11:32:06 Visits : 13 文章分类 : 科技 View original text

关键字 : 药物 文本挖掘 相关 毒性 生物


摘要

为了弄清楚基因和蛋白质的系统信息以及它们之间的关系,我们付出了相当大的努力。尽管化合物和毒品的。尽管,化合物和药物在药理学和生物研究中非常重要,但对我们来说,只有有限数量的可自由使用的化学文本/搜索引擎技术目前是可免费访问的,所以 作者研发了一款在线生物医学搜索工具—limtox(毒理学数据文本挖掘工具)。并特别侧重于肝胆的病理反应。它主要是继承了一系列的文本挖掘,名称识别,信息提取组件。使用机械学习,基于规则的术语查找策略。这个体统主要用于科学摘要,完整文本文章和医疗机构评估报告。

Limtox也能针对除肝脏不良反应之外的其他器官水平的毒性关联的基本搜索。(包括肾毒性,心脏毒性。甲状腺毒性和磷脂等)同时,这个工也支持特殊的搜索查询:化学药物/药物,基因搜索。并且免费公开,无需登录操作。网站地址:http://limtox.bioinfo.cnio.es


1 背景


目前,生物医学文本挖掘主要致力于分子生物学的研究。主要的焦点是针对基因和蛋白质功能相关信息,研究他们的属性和它,他们之间的关系。例如:蛋白质互作关系,相对来说,对化合物和药物的研究的目的最终是为了生物生物医学研究,目前已经发表的许多关于药物基因组相关方面的文本挖掘工作。包括基因-药物相关性,另外也试图从文本中提取药物之间互作关系的。前不久,制药公司Pfzer比较了毒性基因组数据库(CTD)的生物研究人员之间的影响关系,揭示了文本挖掘结果对科学研究心血管、神经系统、肾脏和肝脏毒性药物的科学文献很有帮助。而药物引起的肝脏损伤和化合物毒性关联却没有在文献挖掘中得到广泛应用。并且药物的肝毒性对药物的批准上市有特殊的作用。这关乎到促使一些药物的停用,是导致药物损耗的主要原因之一。因此,对于在线文本挖掘工具的迫切需求,可能有助于检测与化学物质和药物有毒特性有关的信息。导致药物诱导肝毒性的机制特别复杂,而肝毒性对广泛使用的预测化学信息法具有明显的挑战性,因为它具有隐性的复杂性。一些生物化学途径和酶如细胞色素或氨基转移酶在肝毒性的描述中起着重要的作用。


1 方法


本文通过尝试构建结构化的知识库的方法,提供关于肝毒性的信息,如CTD(8)和LTKB(9)数据库。利用文本挖掘方法,对高质量的人工注释进行了系统的提取,对其进行了系统的提取。一种早期的方法应用了商业文本挖掘管道(BioWisdom’s Sofa platform)来恢复与肝毒性相关的声明,这是由PubMed抽象的概念的三种形式。这包括与肝胆道/病理/病理相关的概念-关系概念化合物的共同提及。


1 Limtox文本挖掘方法流程图及其优点



Limtox的优点。

1:LimTox处理了四种不同的文件类型,即整套PubMed摘要,全文药物相关报告,欧洲公共评估报告(EPAR)新药申请(NDAs)

2:运行文本中化学物质的识别是后续语义检索化学物质及其与化学诱导的不良反应有关的关键步骤。通过LimTox系统将文件连接到化学实体是通过两种策略完成的。 主要方法依赖于通过运行ChemSpot标记器获得的结果

3:由于近日针对用户交互的生物医学文本挖掘评估工作表明了强烈期望的最终用户要求之一是能够根据不同的输出标准对结果进行过滤/排序/排序,而不是获得单个静态系统结果,所以LimTox支持将文本(特别是句子)与不良反应相关联的各种排名为基点,灵活的处理。

4:Limtox的语言优点:肝毒性的相关词汇资源在不同的语句,词典和叙词表之间显著不同。为了支持与肝毒相关的术语索引过程,此工具开发了构建了LimTox词典。该词汇涵盖了多个现有本体和术语中的有害的肝胆术词汇,因此有助于直接概念接地,其中涉及不良,病理或毒性的表达断言(毒性/不良事件触发词)。 两种类型的触发词必须在句子中共同提及。 这种方法依赖于852手动定义的肝毒性,960肝胆和552毒性触发术语。


Limtox主界面

查找结果界面



小结

在当今文本挖掘大多不易获取的前提下。提供了无需登录,即可帮助查找生物毒理学信息。提供打分功能的webservver。服务器速度也很快。并且,其他数据类型查找功能也比较优秀。


参考文献:


Canada, A., et al., LimTox: aweb tool for applied text mining of adverse event and toxicity associations ofcompounds, drugs and genes. Nucleic Acids Res, 2017.


通讯邮箱:ad.cepi@edbc.org

投稿邮箱:scw.cepi@edbc.org


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